まず初めに・・・
URLは基本的には各ページに1つずつですが、ご存知の通り、サイトやサイト内のフォルダのトップページは最後のファイル名（index.html）を省くことができるため、厳密に言えば2つのURLがあるということになります。
どういうことかというと、例えばこのサイトのトップページは、以下の2種類のURLで表示させることができます。
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http://seo.k-m-k-m.com/ http://seo.k-m-k-m.com/index.html |
このように2種類のURLがある場合は内部リンクの外部リンクも全て統一させたほうが良いのです。
まず、どちらのURLに統一させるのがいいのかというと、断然index.htmlを省いた方のURLになります。
なぜかというと、index.htmlを省いたページにリンクするのがごく一般的ですし、ヤフーカテゴリやクロスリスティングに登録されるのもこのindex.htmlを省いた方のURLになるからです。
では、なぜ統一しなければならないのかというと、検索エンジン（少なくともGoogle）にはそれぞれ被リンクに関しては別ページとして認識されているため、統一されていないと、同じトップページにリンクされていても、別ページにされているとみなされてしまうからです。
その結果、実際の被リンク数よりも検索エンジンが少なく認識してしまうということになってしまいます。
Googleのページランクを見ると解りやすいのですが、その証拠にこの2つのURLは別々のページランクがついていることがほとんどです。
『別ページと認識されても、サイトの窓口が広がるからいいじゃないか！』と思う人もいるかもしれませんが、ページの内容が同じな以上、それぞれが全然違うキーワードで表示されたりすることはありません。
なので、結局は検索順位を落としてしまうだけになってしまいます。